ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA

Eden Cardoso Cardim; Wallace Vinicius Oliveira Reis; Nicolas Carels; Diego Gervásio Frías Suárez

doi:10.3395/reciis.v1i2.925

ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA

Autores

Eden Cardoso Cardim Universidade Estadual de Santa Cruz, Laboratório de Bioinformática, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil
Wallace Vinicius Oliveira Reis Universidade Estadual de Santa Cruz, Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil
Nicolas Carels Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática, Manguinhos, Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Diego Gervásio Frías Suárez Universidade Estadual de Santa Cruz, Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas, Ilhéus-Itabuna, BA, Brasil

DOI:

https://doi.org/10.3395/reciis.v1i2.925

Palavras-chave:

Anotação de gene, Perl, banco de dados relacional, PostgreSQL, código aberto

Resumo

Os recursos computacionais se tornaram essenciais para o desenvolvimento de projetos genoma. Vários sistemas distribuídos que gerenciam estruturas complexas e que integram interfaces gráficas voltadas para o usuário, processamento e mineração de grandes quantidades de dados e bancos de dados volumosos, foram propostos. A maioria dos laboratórios de seqüenciamento já consolidados desenvolveu soluções próprias. Entretanto, um sistema portável e escalonável, integrando todos esses aspectos, ainda não está disponível para a comunidade científica. Neste estudo, apresentamos um protótipo de tal sistema em curso de desenvolvimento aberto em http://sourceforge.net/projects/ askgene. Este sistema permite (i) acessibilidade aos dados e processos ao longo de todo o fluxo de dados, (ii) representação de dados e ontologia, (iii) manejo do fluxo de processamento (workflow), (iv) arquitetura e documentação do sistema, (v) desenvolvimento corporativo, anotação manual, (vii) processamento de dados corrompidos, (viii) distribuição e paralelização de processos, (ix) portabilidade e escalonabilidade.

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Publicado

31-12-2007

Como Citar

Cardim, E. C., Reis, W. V. O., Carels, N., & Frías Suárez, D. G. (2007). ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA. Revista Eletrônica De Comunicação, Informação & Inovação Em Saúde, 1(2). https://doi.org/10.3395/reciis.v1i2.925

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Edição

v. 1 n. 2 (2007): Suplemento - Bioinformática e Saúde

Seção

Artigos originais

Licença

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Dossiê Cuidados-em-interação: práticas, saberes e reflexividade na saúde (v. 18, n. 2) abr./jun. 2024

27 October 2023

Conceito indissociável à comunicação, a interação é parte constitutiva do ato comunicativo. O campo dos estudos interacionais da comunicação humana, embora amplo e orientado por abordagens distintas, tem o desafio analítico comum de observar a coconstrução dos enunciados e dos seus valores acionais no ambiente microecológico em que ocorrem, o que implica olhar emicamente, ou seja, a partir de dentro, e considerar os processos reflexivos das pessoas participantes daquela interação comunicacional humana (Rodrigues, 2021).

Este dossiê, cujo título mobiliza o conceito de cuidado-em-interação, aborda os cuidados em saúde numa perspectiva interacionista (Ostermann; Meneghel, 2012), com particular interesse por pesquisas de enfoque multimodal, capazes de articular, num trabalho descritivo finamente detalhado, os estudos da fala e do corpo (Mondada, 2018).

A expressão cuidado-em-interação é gerada por uma matriz usual em Análise da Conversa Etnometodológica (ACE) (Loder; Jung, 2008), corrente investigativa oriunda da sociologia norte-americana, derivada da Etnometodologia de Harold Garfinkel, que tem sido acolhida mundialmente em múltiplas áreas disciplinares (Watson; Gastaldo, 2015); e que nos últimos dez anos traz como objeto de estudo a-fala-e-o-corpo-em-interação.

Guiadas pelos dados (Data driven), as análises podem mobilizar e articular outras correntes teóricas, que incidem sobre uma multiplicidade de objetos e de fenômenos: a polifonia e o dialogismo bakhtiniano; a análise austiniana dos atos de linguagem; o face work goffmaniano e a polidez; as pistas de contextualização de natureza prosódica; as justificações e a teoria da argumentação na língua; etc.

Os estudos sobre os cuidados-em-interação, na perspectiva da análise da conversa etnometodológica, abrem-se a uma gama de investigações acerca das interações em ambientes diversos e que se utilizam de recursos variados. Como nos aponta Harvey Sacks em seu clássico estudo de conversas telefônicas gravadas por um centro de prevenção ao suicídio nos Estados Unidos da América, e, portanto, mediadas por um dispositivo tecnológico de comunicação a distância, as pesquisas cujo material coletado não contempla todos os recursos multimodais disponíveis nas interações presenciais trazem desafios que reforçam o grande potencial analítico da atitude de olhar para dentro, considerando os dispositivos naturais e os dispositivos artificiais de mediação ao mundo.

Duas perguntas iniciais instigaram este dossiê: a) Como a interatividade está sendo operada em diferentes ambientes e cenas, sobretudo com relação a temas da saúde? b) De que formas as abordagens microanalíticas dos estudos sobre as interações podem contribuir para a compreensão dos processos sociais?

Incentivamos as contribuições de autoras/es das diversas áreas das ciências sociais, humanas e da saúde – com particular ênfase às áreas dos estudos da comunicação, da linguagem, da antropologia, do serviço social e da sociologia – para subeixos temáticos tais como:

Assimetrias epistêmicas, cognição situada, intercompreensão e emoções-em-interação;
Estudos microanalíticos dos quadros conversacionais da intervenção social e sanitária;
Interações em regime de telepresença, mediatizadas por computadores multimodais (microfone, alto-falante, webcam e tela);
Quadros interacionais das práticas de coinvestigação e autoconfronto na formação de profissionais da saúde e do social;
Participação de cidadãos em dispositivos de coanálise das práticas de serviço e de atendimento (ciência cidadã);
Interações atípicas em suas dimensões interdisciplinares dos estudos sociais da deficiência.

Editores convidados: Marcia Rodrigues Lisboa (Fundação Oswaldo Cruz – Laboratório de Fenomenologia, Etnometodologia e Análise Conversacional da Clusividade Social – Lab-FEACC_CLISSIS) e Michel Binet (Universidade Lusíada – Laboratório de Fenomenologia, Etnometodologia e Análise Conversacional da Clusividade Social – Lab-FEACC_CLISSIS)

Prazo de submissão: até 20 de fevereiro de 2024.

Estimativa de publicação: v. 18, n. 2, abril/junho de 2024.

Ao submeter o trabalho, por favor, use a categoria Dossiê Cuidados-em-interação: práticas, saberes e reflexividade na saúde.

Referências

LODER, Letícia Ludwig; JUNG, Neiva Maria (orgs). Fala-em-interação social: introdução à análise da conversa etnometodológica. Campinas: Mercado de Letras, 2008.

MONDADA, Lorenza. Multiple temporalities of language and body in interaction: challenges for transcribing multimodality. Research on Language and Social Interaction, Estados Unidos, v. 51, n. 1, p. 85-106, 2018. DOI: https://doi.org/10.1080/08351813.2018.1413878. Disponível em: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08351813.2018.1413878, Acesso em: 25 out. 2023.

OSTERMANN, Ana Cristina; MENEGHEL, Stela Nazareth (orgs). Humanização Gênero Poder: contribuições dos estudos de fala-em-interação para a atenção à saúde. Campinas: Mercado de Letras; Rio de Janeiro: Fiocruz, 2012.

RODRIGUES, Adriano Duarte. A natureza da atividade comunicativa. Lisboa: Lisbon Press, 2021.

WATSON, Rod; GASTALDO, Édison. Etnometodologia e análise da conversa. Petrópolis: Vozes: PUC-Rio, 2015.

Prorrogação - Dossiê O Povo da rua: saúde, políticas públicas e comunicação

19 May 2023

Agora você tem até o dia 31 de maio para submeter seu artigo original para o dossiê O Povo da rua: saúde, políticas públicas e comunicação

Esse dossiê procura refletir sobre as práticas e políticas públicas envolvendo, particularmente, a saúde e a rua como lugar de vínculos comunicacionais.

Mais informações / More information/ Mas informaciones/ Plus d'information:
www.reciis.icict.fiocruz.br

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